NCBI数据下载的几种方式
使用wget常规下载
wget -c -t 0 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz
使用aspera下载
参考：秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s - 简书 (jianshu.com)
软件可以使用源码安装，也可以使用conda安装；使用的时候需要注意指定 - i，也就是你秘钥的位置（asperaweb_id_dsa.openssh）。
#一些参见的参数还包括：
-v：显示下载进度
-QT：-Q指开启自主设定传输速率的功能，而-T指启用密钥以获得最大传输速率。二者配合-l和-m使用
-l：指定最大传输速率
-m：指定最小传输速率，一般不用设定
-k：断点续传，非常有必要，能够保证在出意外中断的情况下，继续下载文件，以避免重新下载，一般设置为-k 1
-i：密钥地址（asperaweb_id_dsa.openssh），注意conda和源码安装的位置不同
--mode：--mode send为上传模式；--mode recv为接收模式
#例如：
ascp -v -QT -l 300m -P33001 -k1 \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR142/075/SRR14209175/SRR14209175.fastq.gz ./
补充：使用ascp批量下载NCBI的索引文件
下载内容见https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v5/nt-nucl-metadata.json
#首先要写一个nt_ftp_download.list，这里面包含nt-nucl-metadata.json中提到的每一个nt.*.tar.gz，类似于：
/blast/db/nt.015.tar.gz.md5
/blast/db/nt.016.tar.gz.md5
/blast/db/nt.003.tar.gz.md5
/blast/db/nt.004.tar.gz.md5
......
#使用sacp命令下载：
ascp -v -k 1 -QT -l 400m -i asperaweb_id_dsa.openssh的路径 --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --mode recv --file-list=nt_ftp.list.txt ./
#下载之后解压即可用
需要说明的是，虽然博主声称使用aspear下载的速度峰值能够达到291Mb/s，但实际使用的速度也就七八兆每秒，也没有比wget快多少，尽管服务器的宽带是千兆级别。
第二个就是，除了在Linux服务器中部署aspera，也可以在win界面部署，Win版本的aspera参见官网：Aspera - Connect | IBM。大概的基本逻辑和DIM类似，除了下载应用之外，还需要在服务器上安装相应的插件。
使用ncbi-genome-download
参考：NCBI-genome-download官方文档
参考：工具手册｜ncbi-genome-download｜NCBI数据批量下载 - 知乎 (zhihu.com)
主要功能能够批量下载NCBI的基因组相关数据，数据源自refseq和genebank。避免从NCBI上网页的下载的查找的繁琐操作，在特定的情况很方便。
#从refseq中下载细菌和病毒的数据，format默认为gb
ncbi-genome-download bacteria,viral
#从refseq中下载病毒的assembly_report和fasta数据
ncbi-genome-download --format assembly-report,fasta viral --parallel 4
根据我使用的初体验来说，ncbi-genome-download似乎支持断点续传，因为即使程序中断过后再次使用，也不会是重新下载。该工具类比于NCBI的edirct工具集，在不同方面各有优势，需要根据不同的实际情况使用。此外，最近NCBI开发了新的下载工具ncbi datasets。